Nama: Root (根, Ne; Viz "Yayasan")
Pemimpin: Danzō
Known Anggota: Dajimu, Fu, Hyo, Sai, Shin, Tera, Terai, Torune
Afiliasi: ANBU, Konohagakure
Status: Aktif (tapi secara resmi dibubarkan)

Root ANBU adalah departemen pelatihan Konohagakure didirikan oleh Danzō. Mereka menjalankan misi yang percaya akan menguntungkan Danzō Konoha, setidaknya beberapa yang kurang terhormat. Organisasi prioritas utama adalah kerahasiaan, dan sebagian besar dari misi yang bertindak dalam kegelapan.

Tidak seperti biasa ANBU, mereka membawa Tanto tipless bukan sebuah Katana. Ini adalah grup yang sangat ketat, karena Danzō telah melatih anggota kehilangan emosi mereka. Setiap anggota memiliki nama kode, bahkan para anggota itu sendiri tampaknya tidak tahu nama asli mereka.

Bahkan setelah bubar, para anggota tetap setia kepada Danzō, dan mempertahankan latihan mereka menjadi emosi untuk mencapai tujuan mereka. Mereka juga terus untuk mencapai misi yang akan gelap, dalam pandangan mereka, menguntungkan desa.

Setiap anggota Root memiliki Seal Terkutuklah dicantumkan pada lidah mereka oleh Danzō, di bagian belakang tenggorokan mereka, yang akan melumpuhkan seluruh tubuh mereka jika mereka mencoba untuk berbicara apa pun tentang Danzō, membuat mereka tidak dapat berbicara atau bergerak; Hal ini untuk mencegah interogasi untuk informasi atau pengkhianatan. Sakura Haruno bahkan sempat mencatat bahwa dia merasa metode ini mengerikan.

Ame menghancurkan Pemberontak
Ditetapkan ke: Presumed semua
Hasil: Kegagalan

Danzō membuat aliansi dengan pemimpin Amegakure, Hanzo, untuk membantunya menghancurkan kelompok pemberontak yang dipimpin oleh Yahiko. Pada gilirannya, Hanzo akan membantu Danzō menjadi Hokage. Meskipun tidak berhasil bergabung dengan memaksa di mendalangi kematian Yahiko, akhirnya misi gagal ketika Nagato, Yahiko marah karena kematian, tewas praktis semua dan Amegakure shinobi Root hadir. Hanya Hanzō ditunjukkan untuk lolos.

Hannya membunuh pembunuh
Ditugaskan: Unknown
Hasil: Sukses

Danzō pernah memerintahkan untuk pembunuhan Hannya Pembunuh dari Tanah Kayu. Urutan ini tampaknya berhasil, tetapi menurut Fu dan Torune, sisa-sisa masih ada dan sasaran Root.

Infiltrasi Orochimaru's Hideout
Ditetapkan ke: Sai
Hasil: Kegagalan

Sai Danzō ditugaskan untuk Tim Kakashi, yang melanjutkan misi untuk mencari Sasuke Uchiha. Selama misi, Sai mendekati Orochimaru, Sasuke's mentor, atas nama Danzō. Dia menawarkan untuk bantuan Root Orochimaru dalam "menghancurkan" Konoha. Ketika Orochimaru Sai diterima dan membawa kembali ke tempat persembunyiannya, misi benar Sai mulai: untuk melindungi Konoha dengan membunuh Sasuke, yang Danzō telah dicap sebagai pengkhianat. Sai, setelah berteman dengan rekan satu tim Naruto Uzumaki, kemudian tidak bersedia untuk menyelesaikan tugas ini, mengakibatkan kegagalan misinya.

Menaklukkan Konoha
Ditetapkan ke: Presumed semua (minus Sai)
Hasil: Penangguhan keberhasilan; Danzō dibuat bertindak Hokage

Selama menyerang Pain Konoha, Danzō terus anggota Akar dari membantu dalam pertahanan desa, berharap bahwa tindakan Pain akan mengizinkannya untuk mengambil gelar Hokage. Setelah invasi, Danzō diangkat sebagai penjabat Hokage Keenam, sambil menunggu mosi percaya. Sai adalah satu-satunya anggota tidak dikenal berada di antara kelompok, karena ia dengan Anko Yamato dan Mitarashi, yang memburu Kabuto Yakushi.

Mengamati Naruto
Ditetapkan ke: Sai
Hasil: "berkelanjutan" (Failure)

Setelah dipilih oleh Danzō neraka Daimyo untuk bertindak Hokage, dia perintah Sai untuk mengawasi Naruto, dan sesuatu yang luar biasa harus segera dilaporkan. Hal ini karena masih memerlukan Danzō suara dari Jōnin secara resmi Hokage, dan bahwa dia harus tetap Naruto, yang kini dianggap sebagai pahlawan desa, di periksa karena statusnya sebagai Jinchūriki (tanpa melakukan apa pun untuk Naruto yang dapat menyebabkan dirinya kehilangan nikmat). Namun, Sai mengkhianati Danzō dan membantu Naruto melarikan diri.

Pelacakan Anko
Ditetapkan ke: Dajimu dan Tera
Hasil: Ongoing

Sementara Anko masih pada misi untuk mencari dan menangkap Kabuto Yakushi, Danzō mengirimkan dua anak buahnya, Dajimu dan Tera, untuk jejak Orochimaru mantan mahasiswa. Namun, dengan situasi saat ini dari Konoha, Danzō perintah anak buahnya untuk menunggu di menyingkirkan Anko, lebih memilih untuk fokus pada mencari Kabuto sebelum dia.

Pelacakan Kabuto
Ditetapkan ke: Terai
Hasil: Ongoing

Karena Kabuto mungkin tahu tentang keterlibatan Danzō dengan Orochimaru, dan karena keahlian medis Kabuto dapat digunakan untuk menyembuhkan tangan kanannya dan mata, Danzō perintah anak buahnya untuk mencari Kabuto, meninggalkan misi Terai tangan di desa walaupun berada di kuncian karena Kage puncak.

Menonton Sai dan Naruto
Ditetapkan ke: Dua dari Torune's yang tidak disebutkan namanya bawahan
Hasil: Kegagalan

Sai takut setia kepadanya, Root Danzō menugaskan dua anggota untuk menonton Sai sebagai jam terakhir Naruto. Namun, Kakashi Hatake dan Naruto membantu Sarutobi Konohamaru melarikan diri ke Kage Summit dan membuatnya tampak bahwa Sai masih setia kepada Danzō.

Melindungi Danzō
Ditetapkan ke: Fu dan Torune
Hasil: Ongoing

Seperti Danzō sedang mempersiapkan untuk menghadiri KTT Kage, ia dibuat sadar perintah untuk membawa dua pengawal tanpa kecuali. Dia memilih Fu dan Torune karena mereka adalah atas dua anggota Root. Torune juga diperintahkan untuk menugaskan anak buahnya untuk mengawasi Naruto, dan untuk mencegah dia meninggalkan desa, kalau-kalau Sai akan mengkhianati organisasi. Namun, kedua pengawal telah teleport pergi oleh Madara Uchiha.

Memulihkan Byakugan
Ditetapkan ke: Fu
Hasil: Kegagalan

Sebagai Ao membuntuti Danzo untuk mengkhianati Kage, Fu Danzo memerintahkan untuk mengambil mata Byakugan yang dimilikinya. Fu melakukan upaya nekat untuk mengambil "Konoha's properti" untuk Danzo tapi Kelima Mizukage tiba dan melihat melalui perangkap Fu Fu menyebabkan gagal.